Praca apostolska mająca na celu prowadzenia człowieka do zbawienia, niosła w konieczność podejmowania różnorodnych działań, które przybliżały człowiekowi Boga. Ojciec Franciszek Jordan już od początku istnienia swojego dzieła pragnął jego działaniem ogarnąć jak największa liczbę ludzi. Ewangeliczne słowa cytowane przez Ojca Jordana: „A to jest życie wieczne: aby poznali Ciebie, jedynego i prawdziwego Boga, oraz Tego, którego posłałeś, Jezusa Chrystusa” , wyznaczały niejako kierunek jego działania. W pracy nad zmianą wizerunku świata, a tym samym nad poprawieniem kondycji ówczesnego człowieka, niebagatelną rolę odgrywało powołanie do pracy ściśle misyjnej. Idea misyjna towarzyszyła Jordanowi już od czasów studenckich, kiedy to spotkał jej wielkich propagatorów min. ks. Arnolda Janssena. Wiemy również, że atmosfera XIX – wiecznego Kościoła sprzyjała myślom o działalności misyjnej, a wręcz stawiała ją na pierwszym miejscu wśród różnorodnej działalności apostolskiej. Podobnie do całego Kościoła czuł i Ojciec Jordan i również jednym z jego priorytetów była działalność ewangelizacyjna w krajach zamorskich. Oprócz wielu podejmowanych w tym kierunku inicjatyw, które zakończyły się mniejszym lub większym powodzeniem, jako sztandar salwatoriańskiej działalności misyjnej za życia Jordana wysuwa się podjęcie działalności w prowincji Assam w Indiach Wschodnich.
Jordan wykazywał zainteresowanie misjami w Indiach już w roku 1889, czego dowodem może być jego korespondencja, za pomocą której próbował zbadać możliwości podjęcia tejże pracy. Wymienić tu można list do przełożonego Seminarium Misji Zagranicznych, w którym prosił o informacje na temat Assamu. Ks. Giacomo Scurati z tego seminarium odpowiedział, że klimat w tej prowincji jest dobry, podobnie rzecz na się z możliwością dotarcia na miejsce, można to bowiem uczynić droga morską, rzeczną lub lądową. Ponadto ojciec Jordan próbował zasięgnąć języka u innych znawców tamtego terenu. W konsekwencji tych prób zbadania wspomnianego kraju, zdecydował się Ojciec Jordan poprosić o przydzielenie tego terenu pod opiekę zgromadzeniu salwatorianów. W roku 1889 zwrócił się do kardynała prefekta Kongregacji Rozkrzewiania Wiary z powyższą prośbą. Wydarzenie to było niejako manifestacją misyjnego zapału założyciela, który to zapał ogarniał wielu członków Towarzystwa. W swoich licznych przemówieniach potwierdzał przekonanie, że aby zgromadzenie rozwijało się wciąż i służyło światu, konieczne jest również poświęcenie się pracy misyjnej . Doniosłą rolę tego faktu dostrzec możemy przyglądając się kondycji, w jakiej znajdowało się w owym czasie dzieło Ojca Jordana. Wysuwając bowiem propozycję przyjęcia misji i proponując w tejże, wysłanie pierwszej fazie dwóch kapłanów i jednego lub dwóch braci , pozbywał się Jordan znacznej pomocy w pracy przy promocji Towarzystwa w Europie. W momencie otrzymania odpowiednich dokumentów od Kongregacji Rozkrzewienia Wiary, całe zgromadzenie liczyło ledwie 8 kapłanów, wraz ze swoim założycielem . Podczas kongresu poświęconego Assam zapadła decyzja powierzenia działalności misyjnej Katolickiemu Towarzystwu Nauczania. Decyzja ta została zatwierdzona przez papież Leona XIII dnia 24 listopada 1889, a stosowny dekret Kongregacji Rozkrzewiania wiary został wydany przez kard. Someoniego 13 grudnia tego samego roku. Opiekę nad misją miał sprawować jej przełożony, któremu będzie przysługiwał również tytuł administratora apostolskiego wraz z ostateczną aprobatą zgromadzenia przez Stolicę Apostolską .
Przełożonm misji miał zostać ks. Otton Hopfenmuller, ponadto do Indii mieli udać się jeszcze ks. Angelus Munzloher oraz dwaj bracia zakonni Marian Schumm i Józef Bachle . Uroczyste pożegnanie misjonarzy odbyło się w kaplicy domu generalnego 17 stycznia 1890 roku. Podczas taj uroczystości Ojciec Jordan wygłosił mowę, w której – według świadków – znalazły się słowa: „ Podwójne uczucie porusza dzisiaj nasze dusze: uczucie bólu i uczucie radości. Bólem jest rozstanie z naszymi kochanymi współbraćmi; radością jednak napełnia się serce, gdy pomyślimy, że nasi kochani współbracia rozstaja się z nami dlatego, by udać się do Azji, do kraju, który jest kolebką ludzkości, aby tam głosić Chrystusa ukrzyżowanego. Przez naszych współbraci, pierwszych, których Towarzystwo wysyła, będzie tam głoszony pokój, radosna nowina Ewangelii. Ta radość musi usunąć ból! (…) Mąż apostolski działa dla zbawienia dusz w miarę jak cierpi. Dzieła Boże udają się tylko w cieniu krzyża. Będziecie ratować duszę przez pracę, trud i pot, a może nawet przez własną krew” . Widzimy więc, że sprawa misji była dla Ojca Jordana sprawą na tyle priorytetową, iż w jej wykonaniu nie mogła przeszkodzić nawet obawa możliwego męczeństwa.
Od chwili przybycia nowi misjonarze napotkali liczne trudności w wypełnianiu swojego apostolskiego posłannictwa. Pierwszym była oczywiście sprawa nieznajomości miejscowego języka, co skutkowało trudnościami w kontakcie z miejscową ludnością. Ponadto jeśli chodzi infrastrukturę terenu praktycznie wszystko trzeba było zaczynać od początku. Myśląc o stworzeniu szpitali czy szkół należało tę budowę zaczynać od podstaw. Ze względu na to, że do tej pory misje katolickie praktycznie na tym terenie nie istniały, nie można było również mówić o szkolnictwie katolickim, tak cennym w procesie ewangelizacji. Istniała natomiast dość dobrze rozbudowana sieć szkół prowadzonych przez metodystów. W okresie przybycia misjonarzy, metodyści mogli pochwalić się 774 szkołami, w których pracowało ponad 800 nauczycieli . Również samo ukształtowanie terenu stanowiło spory problem dla przybyłych z Europy misjonarzy. Wysokie wzgórza i liczne doliny rzek utrudniały komunikację i docieranie do rozproszonych po kraju wiernych. Kard. Oreglia di Stefano tak prezentował tereny Assamu: „Prowincja Assamu jest położona pomiędzy 24 i 28 stopniem szerokości północnej oraz 45 i 97 stopniem długości wschodniej. Jej powierzchnia wynosi 47 tysięcy kilometrów kwadratowych. W1881 ludność wynosiła 4 881 426” .
Administrator apostolski, którym został ks. Otto Hopfenmuller, dzieląc się z prefektem Kongregacji Rozkrzewiania Wiary, wyrażał nadzieję na pomyślny rozwój działalności salwatorianów wśród miejscowej ludności. Ludność ta należąca do ludu Khasi była bowiem przychylnie usposobiona do misjonarzy a pełna przykładu praca misjonarzy rodziła nadzieje na przyszłość . W początkowym etapie działalności misjonarze odwiedzając miejscowych katolików korzystali z pomocy tłumacza. Sprawowali również sakramenty, nawet spowiedź korzystając z odpowiednich drukowanych pomocy. Ks. Otto informował ciągle założyciela o postępach w pracy i przewidywanych potrzebach w przyszłości. Widział on konieczność w materialnej rozbudowy misji przez budowę Kościoła, konwentu sióstr a także szpitala, sierocińca i szkoły. W tym podjął próby uzyskania pomocy materialnej z europejskich organizacji oferujących taka pomoc min. ze stowarzyszeń misyjnych w Monachium i Lyonie . Przełożony misji wysłał również prośbę do Ojca Jordana o udzielenie młodej placówce wsparcie personalnego. W lipcu 1890 roku poinformował założyciela o wydrukowaniu pierwszego egzemplarza katechizmu w języku Khas i jednocześnie o nie mniej radosnej informacji, że kongregacja misyjna z Lyonu przyznała misji wsparcie pieniężne w wysokości 3 182. rupii. Przyznać trzeba, iż zwłaszcza wydanie egzemplarza katolickiego katechizmu w języku Khasi było doniosłym wydarzeniem. Miejscowa ludność, która zdecydowała się przejść na chrześcijaństwo, wybierała raczej protestantyzm. Jego głosiciele bowiem już od wielu lat prezentowali liczne publikacje we wspomnianym języku. W tym momencie jednak wspaniale rozpoczynające się dzieło misyjne spotkał straszliwy cios. Dnia 21 sierpnia 1890 roku na skutek zapalenia opon mózgowych zmarł przełożony misji ks. Otto Hopfenmuller . Jego współpracownik ks. Angelus pisał do założyciela: „O mój kochany Ojcze! Cóż za straszny ból. Trudno mi go przedstawić. Cóż mamy teraz począć? Proszę nam przysłać jakiegoś przełożonego, gdyż my tu jesteśmy dziećmi. Ks. Otto miał prawdopodobnie, jak twierdzi lekarz, zapalenie mózgu. To jedno mnie pociesza, iż mam przeświadczenia, że oktawę Wniebowzięcia NMP obchodzi już w niebie. Żył przecież jak święty! Niestety ofiary salwatoriańkich misjonarzy nie skończyły się na tym nieszczęśliwym wydarzeniu, dnia 30 sierpnia zmarł kolejny z nich, br. Marian Schumm .
Pomimo tak wielkiej straty Ojciec Jordan nie zamierzał zaprzestawać działalności misyjnej, a wręcz przeciwnie postanowił wspierać ją, wysyłając kolejnych misjonarzy. Już 12 grudnia 1890 wyjechali do Indii kolejni czterej salwatorianie: księża Ignatius Bethan, Jan Gruchot, Matthaeus Baukhage oraz brat zakonny Ciro Disclafani. Wraz z nimi wyjechała do Assam pierwsza grupa trzech sióstr salwatorianek . Przełożonym misji po śmierci ks. Otto został jego pierwszy współpracownik ks. Angelus Munzloher, który pomimo wielu nękających misję trudności potrafił ją rozwijać w sposób imponujący. W jego planie był min. wybudowanie kolegium, w którym mogłaby się kształcić młodzież przeznaczona w późniejszym czasie także do życia zakonnego. Zwracając uwagę na sprawę szkolnictwa ks. Angelus podkreślał sprawę tak ważną również dla Ojca Jordana. Wykazywał, ze najlepszą drogą do wpływania na świat, w którym salwatorianie pracują, będzie kształcenie dzieci i młodzieży i przez tę pracę wpływanie na kształt społeczeństwa . Sam Jordan zdając relacje z pracy misyjnej salwatorianów na terenach indyjskich pisał: „Obecnie i nasi kapłani posiadają trzy stacje. Ponadto rozpoczęli zakładanie innych mniejszych stacji, które w równym stopniu starają się administrować. Centralna stacją jest Shillong, gdzie nasi misjonarze mają mieszkania: jest ono położone na przepięknym wzgórzu St. Mary Hill, poprzednio Hopokin’s Hill, kupionego przez przełożonego misji i zwanego przez Khasi: Lum Tyng Kong. Tam wzniesiono kolegium z kaplicą publiczną” . Następne lata to kolejni przełożeni i dalsze lata rozwoju misji w Assam mimo potężnych czasem trudności, jak np. trzęsienie ziemi, które nawiedziło stacje misyjną w roku 1894 i praktycznie doszczętnie zniszczyło owoce pracy wielu lat. Nawet jednak tak dotkliwy cios nie zmusił Ojca Jordana do wycofania się podjętej tam pracy. Salwatoriańscy misjonarze pracowali w Assam do roku 1915, kiedy to władze angielskie pozostające w stanie wojny z Niemcami i Austrią, postanowily deportować wszystkich obywateli tych krajów z terenu Indii. Niestety wszyscy misjonarze salwatoriańscy pracujący na tym terenie posiadali obywatelstwo wspomnianych mocarstw, w związku z czym musieli opuścić misje, na której pracowali wiele lat .
Opisana powyżej, w wielkim skrócie, działalność duchowych synów Ojca Jordana w Indiach ukazuje jasno, jak wieki sentyment żywił on do owej działalności i jak wielkie nadzieje w niej pokładał. To przykład najbardziej sztandarowy i okupiony chyba największymi ofiarami ze strony całego zgromadzenia, jego członków jak i założyciela. Pomimo wciąż niewielkiej liczby członków nowego zgromadzenia Ojciec Jordan od 17 stycznia 1890 roku do roku 1915 posłał do Apostolskiej Prefektury Assamu 41 swoich duchowych synów. W owym czasie pracowało tam również 20 sióstr salwatorianek. A była to przecież tyko jedna z kilkudziesięciu fundacji przez niego założonych . Powyższe dane jasno uświadamiają nastawienie założyciela do sprawy misji i jego rozumienie konieczności tej działalności dla dobra świata, do którego salwatorianie zostali posłani. Wyraził to znakomicie słowami: „Dopóki żyje na świecie choćby jeden człowiek, który nie zna Boga i nie kocha Go ponad wszystko, nie wolno ci ani na chwilę spocząć”.